继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：凯特·温丝莱特 埃文·彼得斯 朱丽安妮·尼科尔森 珍·斯马特 安格瑞·赖斯 盖·皮尔斯 杰克·马赫恩 索茜·贝肯 麦肯齐·兰辛 卡莉·史派妮 约翰·道格拉斯·汤普森 卡梅隆·曼 乔·蒂皮特 伊兹·金 贾斯汀·赫特·邓克利 大卫·丹曼 尼尔·哈夫 詹姆斯·麦卡德尔 露比·克鲁兹 科迪·科斯特罗 伊内徳·格兰汉姆 帕特里克·麦克戴德 德鲁·谢伊德 马德琳·温斯坦 帕特里夏A.默克 黛比·坎贝尔 内德·艾森伯格 黛博拉·海德瓦尔 萨沙·弗若洛娃 菲利斯·萨莫维尔 伊萨·戴维斯 布莱恩·加拉格尔 柴纳萨·奥格布阿
热度：655°C
演员：安吉拉·贝塞特 彼得·克劳斯 詹妮弗·洛芙·休伊特 奥利弗·斯塔克 艾莎·辛德斯 肯尼斯·崔 瑞安·古兹曼 洛克蒙·邓巴 科琳·玛西亚 马坎索尼·雷斯 加文·麦克休 查理·博丁 格雷戈里·哈里森 迪·沃伦斯
热度：201°C